Im Gegensatz zu "Naruto Ninja Council" hat "Naruto Ninja Council 2" einen Story-Modus. Die Story geht von dem Auftauchen der Oto-Nins bis dahin das Sasuke zu Orochimaru geht. Dem Story-Modus kann man nicht zu zweit spielen aber man hat 2 Hilfscharakter die jeweils 2 Jutsus die man benutzen kan wenn die Chakra Anzeige der Hilfscharakter voll ist. Außerdem gibt es immer am am fang des Levels gibt es ein kleines Minispiel wenn man gewinnt kann man dem gegner des Nächsten Levels schwächen. Und man kann sich den Charakter den man Charakter auswählen den spielen will. Wenn man ein Jutsu macht muss man wie im ersten ein kleines Minispiel gewinnen.

Note: 3+