Bei Naruto Ninja Council gibt es keinen Story-Modus du kannst nur über 40 verschiedene Missionen Spielen. Die Missionen gehen von D-S wenn du alle D-Missionen erledigt hast kommen die C-Missionen und so weiter. Manche Missionen sind der "Naruto Story" ähnlich wie zum beispiel Sasuke vs Gaara und Naruto vs Sasuke. In Naruto Ninja Council kann man 20 verschiedene Charaktere spielen die du durch Missionen freischalten kannst. Du kannst nur zu zweit spielen wenn dein Freund das Spiel auch hat. Maximal können 4 Leute zusammen spielen.
Man kann sich bei Naruto Ninja Council einen Charakter aussuchen mit dem man die Mission macht die Charakter haben Maximal 3 Jutsu. Man kann sich aber auch Jutsus von anderen Charakteren nehmen wenn man die aktiviert kommt die Person der das Jutsu gehört und greift den Gegner an der Gegner ist erst im Jutsu gefangen wenn du den Gegner beruht hast wenn er im Jutsu gefangen ist muss man ein kleines Minispiel machen wie zum beispiel eine Scheibe drehen um das Jutsu aufzuladen. Um Vertrautegeister zu beschwören muss man erst Schrieftzeichen in einer bestimmten reihen folge drucken und dann einen Striech ziehen dan erscheint er.
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